Le paradoxe des chauves-souris : ce que ces reines de la nuit peuvent nous apprendre sur les pandémies – et sur nous-mêmes
Elles hébergent une multitude de virus mortels, mais tombent rarement malades. Plutôt que de les redouter, les scientifiques plaident pour mieux les comprendre et les protéger : leur survie, comme la nôtre, en dépend.
- 30 octobre 2025
- 11 min de lecture
- par Linda Geddes
Après la COVID-19, la question de l'origine de la prochaine pandémie demeure omniprésente. De plus en plus, les regards se tournent vers les chauves-souris.
La diversité des virus mortels que portent ces mammifères souvent décriés est stupéfiante – tout comme leur capacité à en héberger certains sans tomber malades.
« Les chauves-souris souffrent aussi de certaines maladies, mais globalement, elles ne tombent pas malades comme nous », explique le professeur Linfa Wang, virologue à la Duke-NUS Medical School de Singapour. « Elles transportent tous ces virus dangereux, hautement létaux lorsqu’ils passent — non seulement chez l’humain, mais aussi chez le porc, le cheval, le chat, presque tout. Mais chez les chauves-souris, ils ne provoquent même pas de fièvre. »
Les chauves-souris ont été tenues responsables de certains des virus les plus meurtriers ayant franchi la barrière des espèces — du SARS, de Marburg et de Nipah jusqu’à la COVID-19.
Mais le véritable danger ne vient pas des chauves-souris elles-mêmes ; il découle de notre manière d’interagir avec elles. Les activités humaines — destruction des habitats, commerce d’animaux vivants — augmentent le risque de transmission virale et transforment les chauves-souris en menace potentielle.
Loin d’être des coupables, ces mammifères remarquables — et leur système immunitaire extraordinaire — pourraient nous aider à mieux comprendre les maladies et même inspirer de nouvelles thérapies. Mais d’abord, nous devons apprendre à coexister avec eux en toute sécurité.
Quels virus hébergent les chauves-souris ?
La plongée de Wang dans ce qu’il appelle en plaisantant la science “batman” a commencé par accident. Formé comme biologiste moléculaire, il s’est retrouvé dans la virologie en enquêtant sur une série de morts de chevaux à Brisbane, en Australie, au milieu des années 1990.
« Ce virus mystérieux est apparu de nulle part, tuant des chevaux avec un taux de mortalité de 70%, et infectant des humains — un décès, une personne en soins intensifs — donc il était très létal », se souvient-il. En séquençant le virus, Wang a identifié un nouveau pathogène : le virus Hendra. Mais d’où venait-il ?
Après avoir écarté les koalas, les kangourous et de nombreux autres animaux, Wang et ses collègues ont atteint une impasse. Puis un autre décès humain, à environ 800 km au nord, a orienté leur attention vers des créatures volantes — oiseaux et chauves-souris — avant qu’ils n’identifient les roussettes (un type de chauve-souris frugivore) comme source.
Loin d’être des coupables, ces mammifères remarquables — et leur système immunitaire extraordinaire — pourraient nous aider à mieux comprendre les maladies et même inspirer de nouvelles thérapies. Mais d’abord, nous devons apprendre à coexister avec eux en toute sécurité.
Quelques années plus tard, une mystérieuse flambée dans le village malais de Sungai Nipah a de nouveau attiré l’attention de Wang. Les porcs mouraient en nombre inquiétant et des centaines d’agriculteurs développaient une encéphalite sévère (inflammation du cerveau).
Des analyses de sang prélevé sur des porcs, des humains et des animaux sauvages infectés ont finalement désigné le même coupable : les roussettes.
Des arbres fruitiers plantés près des enclos à porcs avaient attiré les chauves-souris, qui y mangeaient et laissaient tomber des fruits contaminés dans les bâtiments, entraînant une transmission aux animaux d’élevage puis aux agriculteurs.
Puis, en 2002-2003, une flambée de pneumonie atypique — plus tard appelée syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) — a rendu malades 8 098 personnes et causé 774 décès, déclenchant une mobilisation mondiale pour la contenir.
Les premières investigations ont pointé les civettes masquées des marchés d’animaux vivants en Chine comme source probable, mais elles se sont révélées être des hôtes intermédiaires. Finalement, Wang et ses collègues ont détecté une séquence virale étroitement apparentée chez des chauves-souris fer-à-cheval, confirmant qu’elles constituaient le réservoir naturel des coronavirus de type SRAS.
« Chaque fois que nous remontions la piste de ces virus, nous trouvions des chauves-souris », explique Wang.
Si les chauves-souris vampires sont depuis longtemps associées à la rage, et les chauves-souris en général au virus Marburg, elles ont aussi été liées au MERS, au SARS-CoV-2 et peut-être à Ebola. Tout cela pose la question : pourquoi les chauves-souris ?
Qu’est-ce qui rend les chauves-souris uniques ?
Ce n’est pas que les chauves-souris transportent nécessairement plus de virus que les autres animaux. « Jusqu’ici, je n’ai pas vu de preuve solide que les chauves-souris hébergent un nombre disproportionné de virus infectant l’humain », explique Daniel Streicker, écologue des maladies infectieuses au MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research en Écosse.
« Ce qui est fascinant, c’est qu’au moins pour plusieurs virus provoquant des maladies graves chez l’humain, les chauves-souris ne semblent pas développer de symptômes cliniques lorsqu’elles sont infectées. »
D’un point de vue humain, cela pose problème. Si les chauves-souris continuent leurs activités normales lorsqu’elles sont infectées — se nourrir, voler, interagir — elles peuvent potentiellement disséminer des virus sur de vastes zones, augmentant le risque de transmission à d’autres espèces, dont la nôtre.
Comment elles y parviennent est encore en cours d’élucidation, mais la théorie principale repose sur le vol.
Les chauves-souris sont les seuls mammifères capables de voler de façon soutenue — une prouesse énergétique qui fait grimper leur rythme cardiaque jusqu’à 1 000 battements par minute, élève leur température corporelle jusqu’à 42 °C, et augmente leur métabolisme d’un facteur 15 à 30.
De tels extrêmes produisent un afflux de déchets métaboliques et d’inflammation qui serait mortel chez la plupart des autres mammifères.
« Le vol est un stress », explique Wang. « Si vous êtes constamment sous pression, vous devez évoluer — sinon vous mourrez. » Sa théorie est qu’en s’adaptant aux contraintes du vol, les chauves-souris ont développé la capacité d’ignorer des signaux d’alerte qui, chez d’autres mammifères, entraîneraient l’effondrement de l’organisme — une forme de super-pouvoir qui s’étend à leur système immunitaire.
Lorsqu’un humain contracte une infection, ce n’est souvent pas le virus qui nous tue, mais notre propre système immunitaire.
Les chauves-souris vivent dans un état de vigilance immunitaire permanente — avec des défenses antivirales en alerte maximale même en l’absence d’infection — tout en évitant presque toujours les inflammations délétères. Elles peuvent tolérer des virus, et même en permettre une réplication limitée, sans déclencher ces tempêtes de cytokines dangereuses qui rendent les humains gravement malades.
Pour aller plus loin
« Pour le grand public, la meilleure façon de résumer le système immunitaire des chauves-souris est la suivante : d’un côté, elles disposent d’un niveau de défense de base très élevé, et de l’autre, elles ont des mécanismes pour éviter une réaction excessive », explique Wang.
Arinjay Banerjee, chercheur principal à la Vaccine and Infectious Disease Organization de l’Université de la Saskatchewan, étudie ces mécanismes.
Il a découvert que les cellules de chauves-souris peuvent soutenir une infection par le virus MERS pendant des mois sans mourir, et qu’elles ne déclenchent pas de forte réaction inflammatoire lorsqu’elles sont exposées à d’autres virus. « C’est crucial, car comme nous l’avons vu avec la COVID-19, l’inflammation a été un facteur clé de gravité de la maladie », souligne Banerjee.
Son équipe a également montré que la réponse immunitaire innée des chauves-souris — la première ligne de défense de l’organisme — agit plus rapidement que chez l’humain, et qu’un gène appelé GBP-1, activé lorsque le système immunitaire détecte une infection virale, semble plus puissant pour bloquer les virus que sa version humaine.
Les chauves-souris réagissent tôt aux virus, réduisant ainsi le besoin d’une inflammation excessive ultérieure. « C’est cette combinaison qui permet aux chauves-souris de tolérer certains de ces virus », explique Banerjee.
Comment les transmissions des chauves-souris vers l’humain se produisent-elles ?
Ce paradoxe — les chauves-souris sont à la fois des réservoirs de virus mortels et des maîtres de la tolérance virale — les rend à la fois inquiétantes et fascinantes. Les transmissions sont rares, mais lorsqu’elles surviennent, les conséquences peuvent être catastrophiques. Les récentes flambées du virus Nipah au Bangladesh, par exemple, ont affiché des taux de mortalité de 75 à 100 %.
Ces épisodes liés au virus Nipah surviennent souvent lorsque des personnes consomment de la sève de palmier-dattier crue contaminée par l’urine ou la salive de chauves-souris frugivores, elles aussi attirées par cette sève sucrée lors de la récolte.
Cependant, les transmissions directes chauves-souris–humain restent très rares. « C’est en réalité chauves-souris–animal puis animal–humain », précise Wang.
Même ainsi, trois conditions doivent être réunies pour qu’une infection se produise : un virus doit circuler chez les chauves-souris, celles-ci doivent partager un espace avec une autre espèce, et il doit y avoir un événement d’exposition — par exemple un contact avec de l’urine, des fèces ou de la salive de chauve-souris.
« Au Bangladesh, les chauves-souris et les humains se côtoient partout. Mais sans chauves-souris léchant la sève de palmier-dattier et humains la buvant, il n’y aurait pas d’événement d’exposition », explique Raina Plowright, vétérinaire et épidémiologiste à l’Université Cornell, à Ithaca (États-Unis), qui étudie la transmission de virus des chauves-souris vers d’autres espèces.
Une grande partie de ses recherches s’est concentrée sur les flambées du virus Hendra en Australie, montrant comment l’activité humaine et le stress environnemental peuvent faire basculer l’équilibre de la coexistence vers la catastrophe. Les roussettes, réservoirs naturels du virus Hendra, parcouraient autrefois l’Australie de manière nomade, suivant les cycles de floraison des arbres natifs. Mais la déforestation massive et l’urbanisation ont détruit une grande partie de leur habitat. « À certains endroits, 96 % de leur habitat hivernal a disparu. Alors, les chauves-souris arrivent en hiver et il n’y a plus de nourriture », explique Plowright.
Les données de son équipe montrent que la perte de forêt et la rareté de nourriture poussent les chauves-souris vers les zones urbaines et agricoles, où elles se retrouvent en contact avec les chevaux — hôtes intermédiaires du virus Hendra. Lorsque la nourriture native est abondante, les chauves-souris se nourrissent en forêt et les flambées disparaissent. « Mais lorsque cette nourriture se raréfie, les chauves-souris cherchent des ressources alternatives là où se trouvent des chevaux », précise Plowright.
Les pénuries alimentaires semblent également augmenter l’excrétion du virus Hendra, sans doute parce que le stress altère le contrôle immunitaire. « Lors d’une pénurie, entre 40 % et 60 % des échantillons d’urine testés étaient positifs au virus Hendra », rapporte Plowright. « Nous sommes passés de presque rien à en trouver partout. »
Elle soupçonne que lorsque les chauves-souris perdent l’accès à leur nourriture native et doivent se rabattre sur des régimes moins adaptés en zones urbaines et agricoles, leur résilience face aux variations climatiques diminue, ce qui augmente l’excrétion virale et le risque de transmission. « Après un fort épisode El Niño, lorsque les conditions sont chaudes et sèches, l’excrétion virale augmente, surtout chez les populations vivant dans des habitats nouveaux — et c’est là que l’on commence à voir davantage d’événements de transmission », souligne-t-elle.
Comment réduire la menace liée aux virus des chauves-souris ?
« Les chauves-souris portent des virus — c’est un fait », affirme Wang. « Mais ils ne nous affectent pas, car les chauves-souris et les virus coexistent depuis des millions d’années. Ce n’est que lorsque les humains perturbent cet équilibre que les problèmes apparaissent. »
Tuer les chauves-souris n’est pas la solution. « Toutes les études menées sur l’abattage de chauves-souris pour des virus comme Marburg ou la rage montrent que cela se retourne contre nous », explique Plowright. « On finit par avoir davantage d’événements de transmission. »
La rage en offre une illustration. En Amérique latine, les chauves-souris vampires sont souvent éliminées à l’aide d’un poison anticoagulant appelé vampiricide. « Cela réduit les morsures sur le bétail, mais a peu d’effet sur la rage », explique Streicker. Dans certaines zones, l’abattage pourrait même avoir accéléré la propagation du virus, les chauves-souris survivantes se dispersant.
« Idéalement, le contrôle des populations devrait passer par la suppression reproductive plutôt que par l’abattage », ajoute Streicker. Son équipe développe également des vaccins auto-disséminés — des gels oraux appliqués sur la fourrure des chauves-souris et transmis entre elles lorsqu’elles se toilettent. « Les chauves-souris sont des animaux sociaux : elles se lèchent beaucoup », rappelle-t-il.
Plutôt que de tuer, la protection des habitats est essentielle. « En Australie, seules quelques espèces d’arbres fournissent de la nourriture pendant le goulot d’étranglement de l’hiver, et elles ont été massivement abattues. Protéger ce qu’il en reste est une évidence », explique Plowright. « La deuxième priorité est de restaurer ce qui peut l’être. C’est une solution gagnant-gagnant : pour les agriculteurs, la biodiversité, et même les koalas, qui utilisent les mêmes arbres que les chauves-souris. »
Banerjee ajoute : « La réduction des conflits entre faune sauvage et humains est la première étape, mais si cela ne suffit pas, nous devons aussi disposer de vaccins et de traitements. » Deux vaccins contre le virus Nipah doivent entrer en essais cliniques dans les prochains mois, mais il faut aussi développer des vaccins contre d’autres virus associés aux chauves-souris.
La sensibilisation est également cruciale. « Au Bangladesh, vous verrez d’immenses affiches dans les rues qui expliquent, dans la langue locale, que si vous consommez de la sève de palmier-dattier, voici les risques. Surveillez vos symptômes et rendez-vous à l’hôpital le plus proche si vous présentez des symptômes grippaux, car souvent Nipah provoque d’abord des signes légers avant que la situation ne s’aggrave très rapidement. »
Les chauves-souris peuvent-elles inspirer la médecine humaine ?
Alors que les humains peinent à contenir les maladies issues de la nature, les chauves-souris pourraient encore offrir des pistes. Leur système immunitaire finement réglé — capable de réduire l’inflammation tout en restant constamment vigilant — pourrait inspirer des traitements contre les maladies infectieuses, le vieillissement, le cancer, le diabète et les maladies auto-immunes.
« Toutes les maladies humaines sont liées à une inflammation excessive », explique Wang. « Les chauves-souris ont développé des mécanismes pour l’éviter. »
Son laboratoire a identifié des protéines qui aident les chauves-souris à contrôler l’inflammation et les a licenciées à une start-up de biotechnologie, Paratus Sciences, qui a levé 100 millions de dollars en 2022 pour développer des thérapies humaines inspirées de leur biologie. « Le plus enthousiasmant, affirme Wang, c’est que les chauves-souris pourraient être les sauveuses de la santé humaine. »
Banerjee acquiesce : « Si nous parvenions à identifier l’ensemble des mécanismes que les chauves-souris ont développés pour contrôler l’infection, et que nous pouvions reproduire cette réponse chez l’humain, nous pourrions peut-être atteindre cette situation où, après une infection, l’on ne meurt tout simplement pas. »
Comment vivre en harmonie avec les chauves-souris ?
L’histoire des chauves-souris et des virus est, au fond, une histoire d’équilibre : équilibre au sein de leur système immunitaire, des écosystèmes, et dans la manière dont les humains choisissent de coexister avec la faune sauvage.
À mesure que les humains empiètent sur les milieux naturels, les chauves-souris subissent une pression croissante. Leurs besoins énergétiques élevés pourraient les rendre particulièrement vulnérables au stress provoqué par l’activité humaine.
« Certaines espèces doivent reconstituer la moitié de leurs réserves de graisse chaque nuit », explique Plowright. « Si la nourriture vient à manquer, la situation devient très fragile. Cela les rend particulièrement sensibles à la perte et à la dégradation de leur habitat. »
La solution, selon Plowright, réside dans la coexistence, pas dans la confrontation. « Si nous laissons les chauves-souris tranquilles et leur offrons la nourriture et l’espace dont elles ont besoin, cela nous protège aussi. Elles jouent un rôle essentiel comme pollinisatrices, disperseuses de graines et prédatrices d’insectes. Nous devons prendre soin d’elles — pour qu’elles puissent prendre soin de nous. »
Davantage de Linda Geddes
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