Comment les vaccins – et le yaourt – pourraient réduire la colonisation par des bactéries résistantes aux antibiotiques
Une nouvelle étude suggère que la vaccination systématique avec le vaccin conjugué contre le pneumocoque (PCV13) pourrait contribuer à réduire le port de bactéries intestinales résistantes aux antibiotiques.
- 5 décembre 2025
- 5 min de lecture
- par Linda Geddes
Les vaccins sauvent déjà des millions de vies, mais une nouvelle étude suggère qu’ils pourraient également contribuer à ralentir la progression de la résistance aux antibiotiques en réduisant les opportunités de propagation des bactéries résistantes.
La résistance antimicrobienne (RAM) est souvent perçue comme une menace mondiale imminente, mais ses effets se font déjà sentir. Rien qu’en 2019, les infections résistantes aux médicaments ont contribué à environ 4,95 millions de décès dans le monde.
Bien que de nouveaux antibiotiques soient urgemment nécessaires, la vaccination apparaît comme un outil important pour ralentir la résistance. En prévenant les infections, les vaccins réduisent le recours aux antibiotiques, limitant ainsi les occasions pour les bactéries de développer des mécanismes d’évasion.
Des études précédentes ont illustré l’impact potentiel que la vaccination pourrait avoir sur la résistance antimicrobienne.
Après l’introduction du vaccin conjugué contre le pneumocoque (PCV7) aux États-Unis en 2000, les formes invasives causées par les souches résistantes ciblées par le vaccin de Streptococcus pneumoniae ont chuté de 84 % chez les enfants de moins de deux ans. Les adultes plus âgés, qui n’étaient pas vaccinés, ont également observé une baisse de 49 % des infections invasives, grâce à l’immunité collective.
Pourtant, la résistance aux antibiotiques n’est pas seulement déterminée par l’usage des antibiotiques.
Des études menées au Guatemala ont montré que les enfants vivant dans des conditions d’hygiène plus précaires – qu’ils aient ou non pris des antibiotiques – sont plus susceptibles d’héberger des bactéries intestinales résistantes, comme E. coli.
Une autre étude, réalisée dans les Hautes Terres de l’Ouest du pays, a révélé que près de la moitié des participants étaient porteurs d’Enterobacterales résistants aux céphalosporines à spectre étendu – des bactéries intestinales résistantes à des antibiotiques puissants souvent utilisés lorsque les traitements de première intention échouent. Ici, les visites récentes en clinique ou à l’hôpital semblaient constituer un facteur de risque clé.
Cela ouvre une piste intrigante : en prévenant les maladies et en réduisant les visites en milieu de soins, les vaccins pédiatriques pourraient aussi diminuer l’exposition des enfants à des environnements où circulent des bactéries résistantes, ce qui réduirait les chances qu’elles s’installent dans leur organisme.
Pour aller plus loin
Les vaccins peuvent-ils empêcher la colonisation par des bactéries résistantes aux antibiotiques ?
La nouvelle étude, publiée dans Vaccine, a examiné si la vaccination contre le rotavirus ou le pneumocoque (PCV13) influençait la probabilité pour les enfants de porter des Enterobacterales résistants aux céphalosporines à spectre étendu.
Bien qu’aucun de ces vaccins ne cible directement ces bactéries intestinales, l’équipe a émis l’hypothèse que prévenir les infections infantiles courantes pourrait réduire l’usage d’antibiotiques et limiter les visites en clinique — deux occasions majeures de propagation des souches résistantes.
Une équipe dirigée par la Dre Brooke Ramay à l’Université d’État de Washington et à l’Université del Valle du Guatemala a collecté des échantillons de selles de 406 enfants guatémaltèques âgés de moins de cinq ans et a vérifié leur statut vaccinal à partir des dossiers de santé. Les chercheurs ont également recueilli des informations sur les maladies récentes, les visites en clinique, l’utilisation d’antibiotiques, les conditions domestiques et l’alimentation — puis utilisé un modèle statistique pour distinguer les effets des vaccins d’autres facteurs de risque.
Comment les vaccins protègent contre l’infection
Les chercheurs ont constaté que les enfants ayant reçu le vaccin pneumococcique étaient environ 8 % moins susceptibles de porter des Enterobacterales résistants.
« Les enfants vaccinés étaient moins susceptibles de se rendre dans des cliniques, un facteur de risque connu pour acquérir des bactéries résistantes dans cette région », explique Ramay à Vaccines Work. « Cela suggère que les vaccins peuvent réduire la RAM en limitant l’exposition à des environnements de soins à haut risque — et pas seulement en prévenant la maladie et l’usage d’antibiotiques. »
Elle a ajouté que, dans les contextes où environ 40 à 46 % des enfants portent des bactéries résistantes – comme au Guatemala –, réduire la colonisation pourrait diminuer le risque d’infections futures, de transmission au sein des foyers et de diffusion de souches résistantes dans les hôpitaux. Ce schéma reflète les conclusions d’études menées au Guatemala, au Kenya et au Botswana, montrant que l’environnement et l’exposition aux soins de santé jouent souvent un rôle plus déterminant dans la colonisation que la consommation individuelle d’antibiotiques.
L’effet du vaccin contre le rotavirus a été plus difficile à déterminer, car très peu d’enfants de l’étude n’étaient pas vaccinés. Cependant, « nous suspectons que des effets indirects similaires pourraient également se produire chez les enfants vaccinés contre le rotavirus, car la réduction des maladies diarrhéiques peut diminuer l’inflammation gastro-intestinale et, par conséquent, réduire la probabilité de colonisation par la RAM », a expliqué Ramay. Confirmer cette hypothèse nécessitera des études prospectives avec diarrhée documentée cliniquement.
Comment le yaourt pourrait-il contribuer à la lutte contre la RAM ?
En dehors de la vaccination, les chercheurs ont constaté que l’un des facteurs les plus protecteurs contre la colonisation par des Enterobacterales résistants était la consommation de yaourt.
Chaque jour supplémentaire de consommation de yaourt au cours de la semaine précédente réduisait la probabilité de colonisation d’environ six à sept points de pourcentage. Les auteurs suggèrent que les bactéries bénéfiques présentes dans le yaourt pourraient aider à stabiliser le microbiote intestinal et réduire la capacité des bactéries nuisibles à s’y installer. Dans les communautés où les bactéries résistantes sont largement répandues, réduire les infections peut également diminuer le portage de souches résistantes.
L’étude a également révélé que les enfants issus de familles exploitant un lopin de terre étaient environ un quart plus susceptibles de porter des bactéries intestinales résistantes que ceux provenant de foyers non agricoles.
Quelles implications pour la santé publique ?
« L’étude suggère que maintenir une forte couverture par le PCV13 pourrait offrir des bénéfices de santé publique au-delà de la prévention des maladies pneumococciques », a déclaré Ramay. « En réduisant les visites en clinique, la vaccination diminue l’exposition à des environnements où circulent des organismes résistants. Cette protection indirecte est particulièrement pertinente dans les pays à revenu faible ou intermédiaire, où les expositions liées aux soins sont fréquentes et où le fardeau de la RAM est disproportionné. »
Les résultats pourraient également indiquer que la résistance antimicrobienne devrait être davantage intégrée dans les décisions de politique vaccinale et d’évaluation coût-efficacité, a ajouté Ramay. Des bénéfices tels que la réduction du portage de bactéries résistantes chez les enfants sont rarement inclus dans les analyses économiques, alors qu’ils peuvent être significatifs.
Enfin, ces résultats soulignent que la résistance antimicrobienne est façonnée par l’environnement au sens large. Les enfants vivant dans des foyers cultivant de petites parcelles étaient plus susceptibles de porter des bactéries résistantes, tandis que des aliments comme le yaourt semblaient avoir un effet protecteur. « Des stratégies de santé publique efficaces devront associer vaccination, interventions environnementales, actions sur l’eau et sur les systèmes alimentaires », a conclu Ramay.
