Du compost à la clinique : le champignon qui pourrait permettre à l’Afrique de concevoir ses propres vaccins à un dollar la dose
Une équipe sud-africaine a transformé un champignon prélevé dans du compost en plateforme vaccinale bon marché, adaptable à grande échelle, et pensée pour permettre à l’Afrique de concevoir ses propres vaccins, plutôt que de se contenter de conditionner ceux fabriqués ailleurs.
- 6 juillet 2026
- 7 min de lecture
- par Mandy Collins
En bref
- Une plateforme vaccinale à base de champignon, actuellement testée dans une université sud-africaine, pourrait ouvrir une nouvelle voie pour produire des vaccins à bas coût sur le continent africain.
- Contrairement à certaines plateformes de production vaccinale, les doses sont stables au réfrigérateur et n’ont pas besoin d’être congelées, un avantage pour la distribution dans les zones reculées.
- Un premier vaccin conçu grâce à cette plateforme, contre la fièvre de la vallée du Rift, une maladie du bétail, s’est révélé sûr et efficace lors d’essais chez l’animal. L’équipe prévoit désormais de tester un vaccin contre le HPV avec la même plateforme.
Lorsqu’un nouveau vaccin entre en phase de production et de test, un seul lot destiné aux essais d’innocuité et d’efficacité peut coûter des millions – des montants qui suffisent à étouffer la plupart des vaccins fabriqués en Afrique avant même qu’ils n’approchent une clinique. Aujourd’hui, une équipe de l’Université du Witwatersrand, à Johannesburg, en Afrique du Sud, estime pouvoir réduire considérablement ce coût grâce à une plateforme vaccinale fondée sur un champignon initialement extrait du compost.
L’objectif est de créer un cocktail de particules pseudo-virales à partir de plusieurs sous-types de HPV, afin d’élargir la protection au-delà de celle offerte par les vaccins actuels.
Les premiers résultats sont encourageants. Un premier candidat-vaccin conçu à partir de cette plateforme, ciblant la fièvre de la vallée du Rift, une maladie qui touche le bétail, a déjà passé avec succès une étude de provocation chez l’animal, se révélant sûr et protecteur. Des essais de terrain sont prévus l’an prochain. Si cette approche tient ses promesses, l’équipe estime qu’elle pourrait, à terme, permettre de produire certains vaccins – y compris contre le papillomavirus humain, ou HPV, responsable du cancer du col de l’utérus – pour environ un dollar la dose. Surtout, elle pourrait permettre à l’Afrique d’adapter ses propres vaccins à ses besoins, plutôt que de dépendre de vaccins importés d’autres régions.
Pourquoi un champignon ?
Les plateformes vaccinales sont les technologies de base utilisées pour apprendre sans danger au système immunitaire à reconnaître et combattre des virus ou bactéries nocifs. Plutôt que d’utiliser un organisme infectieux vivant dans son entier, certains vaccins s’appuient sur des fragments spécifiques, des instructions génétiques ou des vecteurs inoffensifs pour déclencher cette réponse protectrice essentielle.
La nouvelle plateforme fongique C1 a été développée par Dyadic International, aux États-Unis. Elle était à l’origine utilisée pour produire des enzymes industrielles avant d’être réorientée vers les vaccins et les thérapies, explique le Dr Kubendran Naidoo, de la Vaccines and Infectious Diseases Analytics Division et de l’Antiviral Gene Therapy Research Unit de l’Université du Witwatersrand. L’université a accès à C1 dans le cadre d’un accord de transfert de technologie et de licence conclu avec Rubic One Health, un groupement sud-africain de partenaires qui travaille à rendre les vaccins plus abordables et accessibles.
La plateforme repose sur la production de protéines recombinantes : de l’ADN étranger est inséré dans un organisme hôte modifié – ici, un champignon – et la machinerie cellulaire fabrique la protéine cible. L’intérêt de C1 tient au fait qu’elle permet de produire ces protéines vaccinales en grande quantité et à faible coût.
« La plupart des laboratoires évitent les champignons en raison des risques de contamination dans les cultures cellulaires, mais la souche C1 a été modifiée de manière à ne pas sporuler. Elle ne persiste donc pas dans l’environnement – et c’est en partie ce qui la rend utilisable pour la fabrication », explique-t-il. Elle est aussi rapide : « Nous pouvons développer des lignées cellulaires en deux mois, contre environ six mois pour les systèmes mammifères. »
Cela la rend accessible à l’Afrique du Sud et à d’autres pays à revenu faible ou intermédiaire, car elle repose sur une fermentation microbienne ordinaire et sur des techniques classiques de biologie moléculaire, des compétences qui existent déjà localement, plutôt que sur les infrastructures spécialisées exigées par d’autres plateformes.
Elle est aussi exempte de composants d’origine animale et utilise des milieux de culture simples, composés notamment de sucre, de levure, de minéraux et de vitamines. Elle est donc peu coûteuse, tout en évitant les problèmes de chaîne d’approvisionnement liés à l’utilisation de sérum animal.
Faible coût, chaîne d’approvisionnement stable
Le coût et la fiabilité de l’approvisionnement sont ici deux enjeux essentiels. Naidoo et son équipe estiment que la plateforme C1 pourrait réduire considérablement les coûts, pour les ramener à une fraction de ceux des vaccins existants, en particulier pour des vaccins sur mesure, adaptés aux besoins régionaux.
Pour aller plus loin
Au plus fort de la pandémie de COVID-19, les perturbations de l’approvisionnement ont montré à quel point l’accès aux vaccins pouvait être fragile, en particulier pour les pays à revenu faible ou intermédiaire. Mais en Afrique du Sud – et plus largement en Afrique subsaharienne –, un facteur supplémentaire entre en jeu : la Dre Rebecca van Dorsten, chercheuse postdoctorale qui travaille aux côtés de Naidoo, explique que les vaccins actuels couvrent les HPV-16 et -18, mais qu’en Afrique subsaharienne, le sous-type HPV-35 devient plus prévalent.
« Dans plusieurs régions d’Afrique subsaharienne, nous le voyons apparaître plus fréquemment que le HPV-18, à la fois dans les infections à HPV et dans les néoplasies cervicales », explique-t-elle. « L’idée est donc de commencer par développer un vaccin trivalent qui ajouterait le HPV-35 aux HPV-16 et -18 – en complément du programme actuel –, puis d’évoluer à terme vers un vaccin nonavalent intégrant le HPV-35 dès le départ. » L’option nonavalente actuellement disponible est coûteuse pour l’Afrique, souligne-t-elle, ce qui explique en partie pourquoi elle n’a pas été déployée dans le programme public du pays.
L’objectif est de créer un cocktail de particules pseudo-virales issues de plusieurs sous-types de HPV, afin d’élargir la protection au-delà de celle offerte par les vaccins actuels.
La thermostabilité de la plateforme constitue un autre avantage. Les protéines sous-unitaires produites grâce à C1 sont stables au réfrigérateur, entre 2 et 8 °C, plutôt que de nécessiter une conservation congelée ou ultrafroide comme les vaccins à ARNm. Cela présente un potentiel considérable pour l’accès et la distribution dans les zones reculées et/ou rurales, où il peut être plus difficile de maintenir la chaîne du froid.
Vaccin contre la fièvre de la vallée du Rift : un terrain d’essai
Dans l’intervalle, l’équipe utilise la plateforme pour concevoir des vaccins vétérinaires et zoonotiques contre la fièvre de la vallée du Rift, car le vaccin vétérinaire vivant atténué existant soulève des préoccupations de sécurité, en particulier chez les ruminants gestants, en raison de taux élevés d’avortement – un point que l’équipe estime pouvoir améliorer.
Les chercheurs ont délibérément commencé par des vaccins vétérinaires, afin d’établir le bilan et la crédibilité technique de la plateforme avant de progresser vers des applications humaines, comme le vaccin contre le HPV.
L’équipe a produit un antigène contre la fièvre de la vallée du Rift et mené des études d’innocuité directement chez le mouton, mais elle s’est heurtée à un obstacle : l’absence d’installations accréditées par les autorités réglementaires pour accueillir une étude de provocation. Plus précisément, les chercheurs avaient besoin d’une installation de niveau de biosécurité 3, ou BSL-3 : un laboratoire hautement contrôlé et spécialisé, utilisé pour travailler sur des microbes et agents pathogènes dangereux, susceptibles de provoquer des maladies graves, voire potentiellement mortelles, transmissibles à l’humain.
En l’absence d’alternative locale, ils se sont tournés, avec Rubic One Health, vers une institution partenaire au Kenya, où ils ont mené une petite étude de provocation contrôlée. Le candidat-vaccin s’est révélé sûr et protecteur par rapport aux témoins. Des essais de terrain sont prévus en 2027.
Un deuxième projet vétérinaire à un stade précoce, également fondé sur C1, est mené en parallèle sur la brucellose – une zoonose grave et souvent négligée – afin d’établir ce système fongique comme technologie de plateforme dans le pays.
Au-delà d’une Afrique cantonnée au « remplissage-finition »
La plateforme devrait vraisemblablement contribuer à stimuler la fabrication et la distribution locales et continentales de vaccins, ainsi que la conception de nouveaux vaccins – ce qui, aujourd’hui, ne se fait pas réellement en Afrique, selon Naidoo.
« Les gens parlent de “fabrication” en Afrique, mais il s’agit généralement de remplissage-finition, et non d’une véritable fabrication ou conception dans le cadre d’une chaîne de développement et de production vaccinale de bout en bout », explique-t-il. La situation est comparable à celle de l’exploitation minière en Afrique, dont les bénéfices ont souvent été captés ailleurs, et non dans les pays, ni même sur le continent, où ces ressources sont extraites.
Cela fait de l’Accélérateur africain de la fabrication de vaccins (AVMA), soutenu par Gavi, le type même de structure d’incitation en aval auquel ces travaux sont ultimement destinés. L’AVMA est un mécanisme de financement qui mettra jusqu’à 1,2 milliard de dollars US à disposition sur dix ans pour soutenir la croissance durable de la base africaine de production vaccinale.
Il a été lancé précisément parce que l’Afrique réalise surtout des opérations au stade du conditionnement, plutôt que de la conception, et il récompense désormais financièrement la montée en gamme dans cette chaîne de valeur – exactement l’écart que C1 pourrait contribuer à combler.
« La conception compte, car elle est au cœur de l’innovation, un domaine dans lequel l’Afrique doit rattraper son retard », explique Naidoo. « Nous essayons de répondre à de nombreux objectifs avec une petite équipe, mais si nous y parvenons, la conversation change. »
David contre Goliath
Et l’équipe est bel et bien réduite : Naidoo, Van Dorsten, le Dr Ofentse Matlhabe – une autre chercheuse postdoctorale – et deux étudiants en master, l’un travaillant sur un nouveau projet HPV, l’autre sur la modification de C1 pour en élargir les applications. « Nous manquons de ressources, et nous avons beaucoup à prouver », explique Naidoo. « C’est une vision très difficile à concrétiser rapidement, et nous faisons aussi face à des sceptiques, car il y a tant de lacunes à combler. Cela rend l’obtention de ressources difficile, alors nous avons dû trouver des moyens d’avancer malgré tout – quitte à sacrifier quelques heures de sommeil.
« Nous avons la passion, l’énergie, les idées, le plan. Ce qui nous manque, ce sont les ressources et davantage de capacités locales. C’est une tâche audacieuse et importante. Nous accepterons toute l’aide possible, car c’est ce qu’il faut pour y parvenir. »
L’équipe bénéficie également du soutien de scientifiques tels que le Pr Shabir Madhi, professeur de vaccinologie et doyen de la Faculté des sciences de la santé de Wits, qui a contribué à faire avancer la plateforme. « La plateforme C1 offre une opportunité de fabrication efficace et à haut débit de vaccins, d’anticorps monoclonaux et d’autres protéines », explique-t-il.
« Si elle réussit, elle pourrait permettre la fabrication locale de certains vaccins, qui pourraient être plus rentables, et donc plus accessibles que les vaccins actuellement homologués. »
